Candida diyetinde mantar riski düşük çekirdekler serbesttir. Ölçülü olmak koşuluyla şekersiz, işlenmemiş çekirdekler genellikle uygundur. çünkü maya beslenmesinde ana düşman şeker ve rafine karbonhidratlardır.
Bilimsel çalışmalar, kabak çekirdeği ve yağının Candida albicans üzerinde güçlü antifungal etkisi olduğunu gösteriyor. Örneğin, Streptococcus cerevisiae’yə karşı antifungal etkili olduğu kanıtlanmış ve Candida albicans bakterilerine karşı da etkisi gözlemlenmiştir. Bu nedenle kabak çekirdeği özellikle antifungal (mantara karşı) özellikleri nedeniyle candida diyeti için faydalı bile olabilir.
Ay çekirdeği gibi bazı çekirdekler kalori açısından yoğun olduğu için aşırı tüketimde bağışıklık sistemi ve sindirim sistemi yorulabilir. Çekirdek tüketimi dengeli tutulmalı ve her zaman şekersiz, katkısız ve mümkünse çiğ tercih edilmeli.